Joomla 1.5, когда включаю Seo у нее и включаю мод, который упрощает код в строке набора, то естественно код менятеся, но вот менюшки и ссылки не меняются... Так и должно быть? тоесть все ссылки в переписывать в ручную? или есть более просто вариант?

Если ссылки вы прописывали вручную изначально, то их необходимо переписать, ибо генерироваться ЧПУ начали только с того момента как вы его включили. При добавлении новых новостей ЧПУ работает, всё нормально?